Η  Κλινική αξιολόγηση είναι τόσο η διαδικασία όσο και το τελικό αποτέλεσμα της συνεκτίμησης των ευρημάτων της αντικειμενικής και υποκειμενικής  εξέτασης.

 Οι πληροφορίες που αντλούνται από την υποκειμενική εξέταση (λήψη ιστορικού) θα βοηθήσουν στην εύρεση του είδους της διαταραχής και θα αναπτύξουν υποθέσεις σχετικά με την αιτία της διαταραχής. Πρέπει ο φυσικοθεραπευτής να διερευνήσει μέσω του ιστορικού εάν ο ασθενής είναι κατάλληλος για φυσικοθεραπεία ή να παραπεμφθεί σε ιατρό για περαιτέρω έλεγχο. Επίσης μέσα από την λήψη του ιστορικού θα προσδιοριστεί τι αντίκτυπο έχει το πρόβλημα του ασθενή στην ψυχική υγεία του και τις επιπτώσεις στην καθημερινότητα του (yellow flags).

Στο πλαίσιο της διαδικασίας της αντικειμενικής(ή φυσικής) εξέτασης, ο θεραπευτής πρέπει να προβεί σε εξέταση ελέγχου (screening) για παρουσία παραγόντων  κινδύνου(red flags). Μπορεί η αιτία της κινητικής δυσλειτουργίας να μην είναι νευρομυοσκελετικής φύσεως. Είναι ευθύνη του φυσικοθεραπευτή  να βεβαιωθεί  ότι ο εκάστοτε  ασθενής είναι  κατάλληλος για  φυσικοθεραπεία. Η σύγκριση νευρομυοσκελετικών συμπτωμάτων και η επιλογή των κατάλληλων μυοσκελετικων δοκιμασιών (special tests) θα οδηγήσουν στην ακριβή αναγνώριση της αιτίας της κινητικής δυσλειτουργίας και έμμεσα στην πιο αποτελεσματική θεραπεία.Η φυσική εξέταση επιβεβαιώνει ή απορρίπτει τις αρχικές υποθέσεις του φυσικοθεραπευτή, ώστε να καταλήξει στην φυσικοθεραπευτική διάγνωση.

Η  διάγνωση του φυσικοθεραπευτή περιγράφει τα πρωταρχικά κινητικά ελλείμματα και τις μυϊκές δυσλειτουργίες του ασθενή, τα οποία κατατάσσονται σε καθορισμένες διαταραχές, σύνδρομα, ή κατηγορίες για  να προσδιοριστεί η πρόγνωση και να επιλεγούν οι κατάλληλες στρατηγικές παρέμβασης .